Ваш семейный ЛОР. Случаи из практики врача (Д. С. Горин, 2018)

В случае SNP гетерогенность первичной структуры ДНК проявляется в однонуклеотидных различиях аллелей Однонуклеотидный полиморфизм

(ОНП, англ. Single nucleotide polymorphism, SNP, произносится как снип ) — отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) в геноме (или в другой сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосом.

Если две последовательности ДНК — AAGCC

TA и AAGC T TA — отличаются на один нуклеотид, в таком случае говорят о существовании двух аллелей: C и T. Однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs) возникают в результате точечных мутаций.

Однонуклеотидный полиморфизм (наряду с полиморфизмом длин рестрикционных фрагментов (англ. RFLP) и ПДАФ (англ. AFLP)) широко используют в качестве молекулярно-генетических меток (ма́ркеров) для построения кладограмм молекулярно-генетической систематики на основе дивергенции (расхождения) гомологичных участков ДНК в филогенезе. В данной области наиболее часто используются спейсеры генов рибосомальной РНК. Ввиду того, что мутации в данных спейсерах не сказываются на структуре конечных продуктов гена (теоретически они не влияют на жизнеспособность), в первом приближении постулируется прямая зависимость между степенью полиморфизма и филогенетическим расстоянием между организмами.

Разнообразие SNPs[ | ]

Однонуклеотидный полиморфизм встречается в пределах ирующих последовательностей генов, в неирующих участках или в участках между генами. SNPs, встречающиеся в ирующих участках, могут не менять аминокислотную последовательность белка из-за вырожденности генетического а.

Однонуклеотидные полиморфизмы ирующих участков бывают двух типов: синонимические и несинонимические. Синонимические SNPs оставляют аминокислотную последовательность белка без изменения, тогда как несинонимические SNPs изменяют её. Несинонимические SNPs можно разделить на missense и nonsense. Однонуклеотидный полиморфизм, встречающийся в неирующих участках гена, возможно, влияет на генетический сплайсинг, деградацию мРНК, связывание транскрипционных факторов.

Области применения[ | ]

Разнообразием последовательностей ДНК у людей, возможно, объясняется то, как у них происходит течение различных заболеваний, реакции в ответ на патогены, прием лекарств, вакцин и т.п. Огромное значение SNPs в биомедицинских исследованиях состоит в том, что их используют для сравнения участков генома между исследуемыми группами (например, одна группа – люди с определенным заболеванием, а вторая – без него).[5]

Однонуклеотидные полиморфизмы также используют в GWAS в генетическом картировании как маркеры с высоким разрешением, благодаря их количеству и стабильной наследуемости в ряду поколений. Знание об однонуклеотидном полиморфизме, вероятно, поможет в понимании фармакокинетики и фармаинамики действия различных лекарств на человека. Широкий спектр заболеваний, такие как рак, инфекционные аутоиммунные заболевания, серповидноклеточная анемия и многие другие, возможно, возникают из-за однонуклеотидного полиморфизма.[6]

Профилактика опухолей ЛОР-органов

Одними из главных причин возникновения опухолей ЛОР-органов являются курение и неконтролируемое употребление алкогольных напитков, поэтому отказ от этих пагубных привычек снизит риск заболеваний такого рода.

Людям, которым в процессе работы приходится вдыхать вредные пары формальдегидных смол, различные взвеси угольной и асбестоцементной пыли, необходимо использовать специальные маски или респираторы для защиты слизистых оболочек рта, горла, носа, лёгких.

Своевременное лечение воспалительных и хронических заболеваний ЛОР-органов поможет избежать появления опухолеподобных образований.

Базы данных[ | ]

Для SNPs существует большое количество баз данных. Ниже приведены некоторые из них.

dbSNP

[7] – база данных SNP, свободный общественный архив, содержащий данные по наследственной изменчивости различных видов, разработанный и поддерживаемый NCBI (National Center for Biotechnology Information Национальный центр биотехнологической информации США). Хотя такое название базы данных подразумевает, что там собран только один класс полиморфизмов, а именно SNPs, на самом деле она содержит большое количество информации и о других молекулярных изменениях в аминокислотных последовательностях. dbSNP была создана в сентябре 1998 года в дополнение к GenBank, в котором представлены нуклеотидные и аминокислотные последовательности, находящиеся в свободном доступе.[8] К 2010 году dbSNP содержала больше 184 миллионов последовательностей, представляя более 64 миллионов различных вариантов для 55 организмов, включая Homo sapiens , Mus musculus , Oryza sativa и множество других. Полный список организмов можно найти по ссылке: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_summary.cgi

SNPedia

– биоинформатический вики-сайт, который служит как база данных SNP. Каждая статья про SNPs предоставляет краткое описание, ссылки на научные статьи, и, кроме того информацию с микрочипа про однонуклеотидный полиморфизм данного типа. SNPedia помогает в интерпретации результатов собственной генетической информации с помощью таких программ как, например, Promethease, 23andMe, Navigenics, deCODEme или Knome.[9] SNPedia была создана и поддерживается генетиком Грегом Ленноном и программистом Майком Кариазо. К 14 сентября 2020 года в базе данных содержалось 107 125 однонуклеотидных полиморфизмов.[10]

База данных GWAS Central

выдает краткое содержание объединенных данных в одном или нескольких полно-геномных исследованиях. В этой базе данных представлено наиболее полное собрание p-value ассоциаций. GWAS Central использует мощные графические и текстовые методы представления данных для открытия и одновременной визуализации многих однонуклеотидных полиморфизмов. Исследователям также предоставляется возможность просматривать их персональные данные рядом с выбранными. Кроме того, данные находятся в свободном доступе для скачивания их научными сообществами.

International HapMap Project

– организация, целью которой является развитие карты гаплотипов человеческого генома, которая будет описывать общие паттерны генетической изменчивости у людей. HapMap – основной ресурс для выявления генетической изменчивости, влияющую на здоровье, факторы окружающей среды и т.п. Вся предоставляемая информация находится в свободном доступе. Этот проект – результат сотрудничества различных групп ученых из Канады, Китая, Японии, Нигерии, Великобритании и США, окончательная версия которого увидела свет весной 2009 года. В определенном участке генома располагается набор свободных SNP (Tag SNP), которые хорошо коррелируют со всеми остальными SNP в данном участке. Далее, изучив аллели свободных SNP, можно с большей вероятностью определить гаплотип индивидуума. Так определяют гаплотипы у нескольких представителей (некоторые болеют определенным заболеванием, а другие нет), а потом, сравнивая две группы, определяют наиболее вероятное расположение SNP и гаплотипов, которые вовлечены в заболевание.

MirSNP

– база данных однонуклеотидных полиморфизмов, изменяющих сайты связывания микроРНК. В ней содержится 12 846 SNPs, включая 1940 SNPs в пре-микроРНК.[11]

Признаки болезней, при которых необходимо срочно записаться к врачу Лору (Отоларинголог).

Человеку, который следит за состоянием своего здоровья, необходимо знать о признаках заболеваний, относящихся к направлению отоларингологии. Если возник хотя бы один, либо сочетание из нескольких симптомов, больному рекомендуется незамедлительное обращение к лору. К ним относятся:

  • боли в носоглотке и гортани;
  • затруднение дыхания;
  • повышение температуры тела;
  • болевые ощущения в мышцах, апатия, отсутствие трудоспособности, слабость;
  • наличие выделений из носа и полости рта;
  • нарушение функции обоняния.
  • увеличение лимфатических узлов, находящихся под челюстью;
  • ухудшение слуха;
  • боли в голове;
  • низкий иммунитет;

Не затягивайте с обращением к врачу. Записаться к врачу Лору в медицинском можно в любое удобное для Вас время. При своевременном обращении к нам, вы экономите не только ваши деньги, но и ваше время.

Врач — Лор (Отоларинголог) при назначении лечения охватывает три области, где возникают нарушения, так как эти области взаимосвязаны и работают как единая система. В случае возникновения этих признаков, Лор врач проведёт диагностику и поставит диагноз. Заболеваниями уха, горла и носа являются:

  • ринит;
  • синусит;
  • отит;
  • аденоидит;
  • ларингит;
  • ангина;
  • фарингит;
  • гайморит;
  • серные пробки.

Кроме них, исходя из врачебной практики, нередки случаи попадания инородных предметов в нос, горло, уши, а также повреждение их слизистых (ожоги, травмы). При позднем обращении к Лору, заболевание часто переходит в острую или хроническую форму, что предполагает затруднение консервативного лечения. Врачу приходится применять более действенные препараты в кротчайшие сроки, чтобы снизить риск развития осложнений.

Исследование SNPs[ | ]

Аналитические методы открытия новых SNP и обнаружения уже известных SNPs включают:

1. Гибридизационные методы

  • Принцип молекулярных маяков (англ. Molecular Beacons)

Суть этого принципа в том, что концы пробы (на которых находятся соответственно метка и тушитель флуоресценции) комплементарны друг другу. В результате при температуре отжига праймеров они схлопываются и образуют структуру типа «ручки сковородки» (stem-loop), где зона комплементарности пробы с матрицей находится в петле. При гибридизации пробы с матрицей вторичная структура разрушается, флуоресцентная метка и тушитель расходятся в разные стороны, и флуоресценция от метки может быть детектирована.

  • Детекция с помощью микрочипов
  • Динамическая аллель-специфическая гибридизация

2. Ферментативные методы

  • Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
  • Методы, основанные на ПЦР
  • Удлинение праймеров
  • TaqMan пробы
  • Лигирование олигонуклеотидов
  • Капиллярный электрофорез[12]

3. Методы, основанные на физических свойствах ДНК:

  • Одноцепочечный конформационный полиморфизм (SSCP)
  • Электрофорез по градиенту температур (TGGE)
  • Высокоэффективная жидкостная хроматография в денатурирующих условиях
  • Масс-спектрометрия[13]

4. секвенирование ДНК

[14]. Для картирования SNP на протяжении всего генома сейчас применяют методы секвенирования нового поколения.

Стадии недоброкачественных опухолей ЛОР-органов

Зависимо от результатов диагностического обследования врач определяет стадию развития болезни и подбирает оптимальный способ лечения опухолевой патологии. Как и при других видах злокачественных образований, опухоли ЛОР-органов имеют 4 стадии формирования, причём при каждой последующей угроза для больного возрастает .

  • ЛОР-опухоль I стадии представляет собой локальное образование в границах органа.
  • ЛОР-опухоль II стадии даёт метастазы в регионарные лимфоузлы.
  • ЛОР-опухоль III стадии прорастает в окружающие ткани и органы.
  • ЛОР-опухоль IV стадии характеризуется метастатическим распространением в отдалённые органы.

Примечательно, что определение стадии заболевания — основа любого лечения рака в Израиле, Германии и других странах с развитой системой здравоохранения.

Примечания[ | ]

  1. J.T. Den Dunnen. Recommendations for the description of sequence variants (англ.) // Human Genome Variation Society : journal. — 2008.
  2. Giegling I., Hartmann A.M., Möller H.J., Rujescu D. Anger- and aggression-related traits are associated with polymorphisms in the 5-HT-2A gene (англ.) // Journal of Affective Disorders (англ.)русск. : journal. — 2006. — November (vol. 96, no. 1—2). — P. 75—81. — doi:10.1016/j.jad.2006.05.016. — PMID 16814396.
  3. Morita, Akihiko; Nakayama, Tomohiro; Doba, Nobutaka; Hinohara, Shigeaki; Mizutani, Tomohiko; Soma, Masayoshi. Genotyping of triallelic SNPs using TaqMan PCR (англ.) // Molecular and Cellular Probes (англ.)русск. : journal. — 2007. — Vol. 21, no. 3. — P. 171—176. — doi:10.1016/j.mcp.2006.10.005. — PMID 17161935.
  4. Ammitzbøll, Christian Gytz; Kjær, Troels Rønn; Steffensen, Rudi; Stengaard-Pedersen, Kristian; Nielsen, Hans Jørgen; Thiel, Steffen; Bøgsted, Martin; Jensenius, Jens Christian. Non-Synonymous Polymorphisms in the FCN1 Gene Determine Ligand-Binding Ability and Serum Levels of M-Ficolin (англ.) // PLoS ONE : journal. — 2012. — 28 November (vol. 7, no. 11). — P. e50585. — doi:10.1371/journal.pone.0050585.
  5. Carlson et al. SNPs — A Shortcut to Personalized Medicine (неопр.) // Genetic Engineering & Biotechnology News. — 2008.
  6. Ingram et al. A specific chemical difference between the globins of normal human and sickle-cell anaemia haemoglobin (англ.) // Nature : journal. — 1956.
  7. Wheeler et al. Database resources of the National Center for Biotechnology Information (англ.) // Nucleic Acids Res (англ.)русск. : journal. — 2007.
  8. Sherry et al. dbSNP — database for single nucleotide polymorphisms and other classes of minor genetic variation (англ.) // Genome Research (англ.)русск. : journal. — 1999.
  9. Michael Cariaso. SNPedia: A Wiki for Personal Genomics (неопр.) // Bio-IT World. — 2007.
  10. Michael Cariaso and Greg Lennon. SNPedia: a wiki supporting personal genome annotation, interpretation and analysis (англ.) // Nucleic Acids Research (англ.)русск. : journal. — 2011.
  11. Chenxing Liu et al. MirSNP, a database of polymorphisms altering miRNA target sites, identifies miRNA-related SNPs in GWAS SNPs and eQTLs (англ.) // BMC Genomics (англ.)русск. : journal. — 2012.
  12. Drabovich et al. Identification of base pairs in single-nucleotide polymorphisms by MutS protein-mediated capillary electrophoresis (англ.) // Analytical chemistry : journal. — 2006.
  13. Griffin et al. Genetic identification by mass spectrometric analysis of single-nucleotide polymorphisms: ternary encoding of genotypes (англ.) // Analytical chemistry : journal. — 2000.
  14. Altshuler et al. An SNP map of the human genome generated by reduced representation shotgun sequencing (англ.) // Nature : journal. — 2000.

Ссылка на основную публикацию
Похожие публикации
Общество с ограниченной ответственностью
«Клиника высокотехнологичной медицины»
Адрес: 140009, РФ, Московская область, город Люберцы, улица Митрофанова, дом 11А
Тел. 8(495)565-48-08; 8(495)558-54-29;
ИНН 5027250575 КПП 502701001 ОГРН 1175027007033